Мичуринцы отмечали ключевое значение концепции "случайных и ненаправленных мутаций" в системе взглядов своих оппонентов.
"Современная генетика <вейсманизм> стоит на той точке зрения, что условия внешней среды не вызывают каких-либо определённых наследуемых изменений растений и животных. Причину изменений растений и животных генетика видит в очень редко появляющихся мутациях. Изменения же, вызываемые мутациями, в представлении генетиков случайны, весьма разнообразны, но ни в коем случае не направлены" (Долгушин, выступление на дискуссии 1936 г.). "Генетики категорически отрицают возможность направленного изменения наследственной основы растений путём соответствующего воспитания их в ряду поколений" (Лысенко, выступление на дискуссии 1936 г.). "Признать участие условий существования в конкретном направлении изменений наследственной природы организмов, это значит отказаться от "святая святых" формальной генетики, то есть отказаться от всеми <вейсманистами> принятого исходного положения об особом, независимом от условий существования и развития организма "веществе наследственности", отказаться от принципа неизменности гена в огромном ряду поколений" (Долгушин).
Со своей стороны, мичуринцы держались по затронутым вопросам прямо противоположного мнения: условия жизни организма влияют на его "наследственную основу", и это влияние в ряде случаев является вполне определённым. Из чего вытекала, соответственно, и возможность направленного изменения наследственных признаков. Основным теоретическим доводом за направленность изменчивости мичуринцы считали её приспособительный характер. "Объяснить этим путём <случайными мутациями> эволюцию, прилаженность организмов к условиям внешней среды, всю целесообразность животного и растительного мира, несмотря на признание даже естественного отбора, выживания наиболее приспособленных, прочие законы природы, вскрытые Дарвином, не только трудно, но и невозможно" (Долгушин).
Помимо таких теоретических аргументов, мичуринцы приводили, в поддержку своей точки зрения, ряд примеров из практики Мичурина и других селекционеров, свидетельствовавших, что путём изменения условий жизни растений ― питания, зоны обитания, температурного режима ― у них можно вызывать направленные изменения наследственных признаков. В дискуссии 1936 года Т. Д. Лысенко приводил, как основной пример направленных изменений, преобразование яровой пшеницы в озимую путём температурного "воспитания". В дискуссии 1939 года он приводил, как основной пример таких изменений, вегетативные гибриды.
И преобразование яровой пшеницы в озимую, и вегетативная гибридизация противоречили доктрине вейсманистов о "ненаправленности" воздействия внешней среды (в первом случае ― температуры, во втором ― питания). Мало того, вегетативная гибридизация противоречила и основным представлениям хромосомной теории наследственности ― о генах как участках хромосом, о расщеплении гибридов в отношении 3:1 во втором поколении. Неудивительно поэтому, что оппоненты мичуринцев в своём большинстве фактически отказались признать экспериментальные данные, предъявленные Лысенко. Преобразование яровой пшеницы в озимую они, даже не рассматривая конкретных опытов, "объяснили" на дискуссии 1936 года отбором или засоренностью исходного материала. Примеры вегетативной гибридизации, приведённые на дискуссии 1939 года, были ими просто проигнорированы, а позже неизменно объявлялись "неверными", "неправильно понятыми", или даже "сфальсифицированными". Т. Д. Лысенко отмечал причину этого: "Понятно, почему генетики-морганисты принимали все меры к тому, чтобы доказать невозможность вегетативной гибридизации… ведь не секрет же и для представителей менделизма-морганизма, что если возможны вегетативные гибриды, то тогда от так называемой моргановской хромосомной теории наследственности остаются только одни хромосомы, а вся теория, т. е. морганизм, отпадает… Если же некритически принимать эту теорию за истинную, тогда остается только одно: отрицать возможность существования таких фактов, т. е. вегетативных гибридов, что менделисты-морганисты и делают" (выступление на дискуссии 1939 г.).
Почти единственным исключением стала позиция Н. П. Дубинина, признавшего, в дискуссии 1939 года, что результаты прививок могут сказаться на семенном потомстве растений: "Сейчас в генетике развивается имеющий важнейшее значение раздел, посвященный влиянию прививок и, более того, даже доказан переход этого влияния на потомство". Однако и он, несколько непоследовательно, заявил затем, что вегетативная гибридизация не может быть направленной.
Таким образом, по ключевому вопросу расхождений обе стороны, несмотря на предъявленные в ходе дискуссий аргументы и экспериментальные данные, остались на исходных позициях.
Методологические различия
Мичуринское и вейсманистское направления в биологии различались не только научными принципами, но и методологией.
В науке известны два метода: синтез и анализ. Первый создаёт новые законы из набора экспериментов; синтезирует из отдельных частей единые структуры, целостные системы. Второй разбивает системы на отдельные элементы; выделяет подсистемы из систем, редуцирует систему к её частям. В научной работе эти методы применяются, как правило, совместно, дополняя друг друга. Научные работники нередко имеют склонности или способности к какому-то одному из этих методов, применяя его в своей работе чаще, чем другой.