После этой, с позволения сказать лекции, пошли письма в ЦК ВКП(б) и лично на имя И. В. Сталина с предложениями снять Т. Д. Лысенко с поста президента ВАСХНИЛ. Ведущую роль в них играли те самые генетики-вейсманисты, которые недавно столь грамотно проконсультировали Ю. Жданова по вопросам биологии и сельского хозяйства.
В результате Т. Д. Лысенко 17 апреля 1948 года направил Сталину и А. А. Жданову письмо, в котором говорил, что он готов отказаться от президентства в ВАСХНИЛ и просил предоставить ему условия для продолжения работы по развитию мичуринской биологии для колхозно-совхозной практики. Министру сельского хозяйства СССР И. А. Бенедиктову он направил письмо с просьбой об освобождении его от поста президента ВАСХНИЛ.
Однако И. В. Сталин вовсе не собирался передавать руководство сельским хозяйством в руки создателей тетраплоидных гречих и "специалистов мирового уровня по дрозофиле".
31 мая 1948 года состоялось заседание Политбюро, на котором обсуждалось апрельское выступление Юрия Жданова. Сталин возмущенно заявил, что Жданов-младший поставил своей целью разгромить Лысенко, забыв, что на нём сегодня держится сельское хозяйство. 15 июля 1948 года Политбюро приняло постановление: "В связи с неправильным, не отражающим позиции ЦК ВКП(б) докладом Ю. А. Жданова по вопросам биологической науки, принять предложение министерства сельского хозяйства СССР, министерства совхозов СССР и академии сельскохозяйственных наук имени Ленина об обсуждении на июльской сессии академии сельскохозяйственных наук доклада академика Т. Д. Лысенко на тему "О положении в советской биологической науке", имея в виду опубликование этого доклада в печати".
Ю. Жданов направил в адрес Сталина упомянутое выше письмо, напечатанное в газете "Правда" 7 августа 1948 года. Хотя формально оно могло считаться признанием Ждановым-младшим ошибочности своей позиции, фактически оно было двусмысленным и лукавым. Ю. Жданов писал, что он излагал свою личную точку зрения, а её восприняли как точку зрения ЦК. Разумеется, он хорошо знал, что именно так её и воспримут слушатели. Проявил он лукавство и в воспоминаниях 1993 года, где утверждал, что "сказал о практических достижениях современных генетиков" ― каких? тетраплоидных формах гречихи, которые он выращивал на своём дачном участке? Кроме того, он писал в этой статье, что "не уступил в самом главном; не согласился, что морганисты-менделисты люди купленные". Эту оценку ("морганисты ― купленные люди") дал И. В. Сталин в разговоре с Ю. Ждановым 18 октября 1947 г.; она основывалась на том, что ряд советских генетиков (Левит, Агол, Добжанский, Карпеченко,…) получали гранты и стипендии от западных фондов, что было тогда (как и сейчас) формой подкупа. Ю. Жданов мог, конечно, и не разделять эту оценку, но вряд ли он посмел в 1948 году перечить Сталину, "не согласиться в главном" ― как он это зачем-то пытался представить в статье 1993 года.
Фактически Ю. Жданов остался при своих ― точнее, внушённых ему противниками Лысенко ― взглядах, и после августовской сессии
ВАСХНИЛ 1948 года занялся "подковёрной" борьбой с мичуринской биологией. Например, когда в 1951 году в изданиях Академии наук СССР появились статьи Н. В. Турбина против Т. Д. Лысенко, автор вскоре был "избран" академиком Белорусской Академии наук и назначен директором Института биологии АН БССР, что в те времена могло происходить только с санкции отдела науки ЦК уже КПСС, то есть с участием Ю. Жданова. Затем снова пошел поток писем в ЦК КПСС с критикой Т. Д. Лысенко.
Дальнейшее развитие событий следующим образом описывает Ю. Жданов. "Где-то в июне <1952 г.> мне позвонил заведующий сельхозотделом ЦК Алексей Иванович Козлов и просил срочно зайти. Я прибежал к нему в другой корпус и застал крайне возбуждённым. Он сразу выпалил: ― Я только что от товарища Маленкова. Он передал указания товарища Сталина: ликвидировать монополию Лысенко в биологической науке; создать коллегиальный президиум ВАСХНИЛ; ввести в состав президиума противников Лысенко, в первую очередь Цицина и Жебрака; создать комиссию ЦК по подготовке предложений".
Что можно на это сказать? "Подковёрная" борьба Ю. Жданова сработала, поток писем ввел в заблуждение И. В. Сталина и, в нарушение устава ВАСХНИЛ, поступило предложение ввести в состав президиума А. Жебрака, который не являлся не только академиком ВАСХНИЛ, но даже не был членом-корреспондентом этой академии. Однако при жизни И. В. Сталина Жебрак не был введён в состав президиума, а Цицин не был назначен вице-президентом ВАСХНИЛ.
Далее Ю. А. Жданов описывает события тех лет. "Комиссия была создана. В неё Маленков, помимо Козлова и меня, ввёл президента Академии наук СССР А. Н. Несмеянова, министра сельского хозяйства И. А. Бенедиктова и … Т. Д. Лысенко. Комиссия собиралась дважды, но ни к какому решению не пришла из-за обструктивной позиции, занятой Лысенко. Страсти накалялись… Но все было напрасно. А затем началась подготовка к XIX съезду партии, сам съезд. Дело спустили на тормозах".
Таким образом, аргументация Т. Д. Лысенко и поддержка министра сельского хозяйства И. А. Бенедиктова не позволили Ю. Жданову с вейсманистами учинить разгром Т. Д. Лысенко при жизни Сталина.
В марте 1953 года после смерти Сталина три секретаря ЦК ― Суслов, Поспелов и Шаталин ― предложили Ю. Жданову покинуть работу в аппарате ЦК и вернуться в Московский университет. Однако через неделю решение изменили и предложили ему на два года уехать из
Москвы для приобретения опыта личной партийной работы, то есть практически, как пишет сам Ю. Жданов, это была депортация. Ему были предложены на выбор челябинский или ростовский отдел науки обкомов партии и он согласился на Ростов.