В Советском Союзе за вторую половину 1930-х гг. влияние многих мафиозных группировок существенно снизилось (см. выше). Однако они не были "выкорчеваны" до конца, а за период войны вновь воспрянули, чему в высокой степени способствовали два фактора: 1) отвлечение внимания и ресурсов государства на оборону; 2) вынужденная неразборчивость в средствах, когда в условиях тяжёлой военной обстановки приходилось налаживать сотрудничество с представителями мафий или пользоваться их услугами.
Большинство таких клановых структур за время войны сохранило свои кадры, которые избежали участия в непосредственных боевых действиях ― оказавшись либо на тыловых должностях, зачастую связанных с распределением материальных ресурсов, либо в эвакуации в Средней Азии. Впрочем, впоследствии они не стеснялись говорить о своих мифических "военных заслугах" и требовать "положенных им как фронтовикам льгот и привилегий" (что породило известное в советское время выражение "бойцы Ташкентского фронта").
В физике со 2-й половины 1940-х гг. влиятельную кланово-мафиозную структуру образовала группа членов Академии наук. Их вес в правительстве обусловили их связи с организованными преступными группировками за рубежом, через каналы которых в СССР поступала развединформация об американских работах по атомной бомбе. Благодаря таким связям эти лица не стеснялись в грубо-ультимативной форме требовать от руководства страны назначения своих ставленников на посты научных администраторов или аннулирования избрания неугодных им лиц. Мало того, они не раз обращались к бывшему наркому внутренних дел Берии, с 1945 года возглавившему работы по созданию атомной бомбы, заявляя, что если в советской науке восторжествуют такие-то физические теории или не будут сняты такие-то лица, то западные коллеги огорчатся (подразумевалось: снизится или иссякнет поток шпионской информации об американском атомном проекте). В ряде случаев подобным шантажом этим академикам удавалось добиться увольнения с работы неугодных им лиц.
Клановые мафии, хотя и меньшей значимости, действовали в те годы и в других научных сообществах, особенно среди биологов.
Разоблачение лжеучёных, прекращение финансирования не приносивших пользы обществу паранаучных структур снижали влияние, а иногда и вели к полной дезинтеграции паразитических мафиозных группировок.
Действенной мерой против представителей мафиозных групп было их моральное осуждение. Нередко из-за фактического бойкота со стороны подчинённых, им приходилось покидать высокие научно-административные посты, на которые их продвинули сообщники.
В послевоенное время существенно ослабило позиции клановых мафий в ряде областей культурной и научной жизни страны предоставление льгот и привилегий участникам боевых действий. Так, декан физического факультета Московского университета А. А. Соколов, при поддержке ряда видных учёных, организовал подготовительные курсы для бывших фронтовиков. В результате многие талантливые ребята, которым в 1941-45 гг. вместо обучения мирным профессиям пришлось защищать Родину, получили высококачественное образование. На курсах преподавали (без дополнительной оплаты) выдающиеся учёные-профессора Д. Д. Иваненко, А. А. Соколов, Н. С. Акулов, А. А. Власов, В. Ф. Ноздрев и другие.
На физ-факе МГУ велась борьба и с искусственным занижением оценок на вступительных экзаменах способным абитуриентам:
..."А. Ф. Кононков столкнулся и с таким явлением: демобилизованные участники войны на экзаменах получали заниженные оценки и не проходили по конкурсу. Когда они приходили в деканат забирать документы, А. Ф. Кононков направлял их на повторные экзамены к другим, более объективным преподавателям, и многие из них набирали соответствующие баллы для приёма в МГУ. Позже многие из них не только успешно закончили факультет, но и защитили кандидатские и докторские диссертации. Некоторые из них работали над проблемами ядерной физики в Дубне и иногда, бывая в Москве, заходили и благодарили А. Ф. Кононкова за помощь при поступлении на учёбу в МГУ"
Клановые мафии, чьи "интересы" оказались ущёмлёнными в результате приёма на физический факультет МГУ способных студентов из числа бывших фронтовиков, не позабыли участников и организаторов этого дела. Так, заместителю декана физ-фака по учебной работе А. Ф. Кононкову на протяжении нескольких лет чинились помехи в защите кандидатской диссертации. В конечном счёте, для рассмотрения его диссертации, основанной на нескольких опубликованных книгах по истории физики в России, пришлось создать специальный совет из докторов, профессоров, специалистов по истории естественных наук. В 1954 г. клановые мафии добились снятия с поста декана физического факультета МГУ А. А. Соколова и увольнения из университета выдающихся учёных Н. С. Акулова и В. Ф. Ноздрева.
Во 2-й половине 1940 — начале 50-х гг. существенно ослабили клановые группировки проводившиеся по инициативе Сталина широкомасштабные дискуссии в физиологии, языкознании, обществоведении. Дискуссии освещались в прессе и способствовали выявлению реальной силы аргументов различных научных школ, раскрытию их общественно-политических позиций, а также созданию атмосферы нетерпимости к лженауке и групповщине. Они стали поддержкой для многих настоящих учёных, "задвинутых" клановыми кликами. В качестве экспертов в дискуссиях выступали не только специалисты, но и народ, здравым смыслом оценивавший качество аргументов, честность и методы участников, а затем выносивший им моральную оценку.