Оказавшись на посту президента АН СССР (1961-75 гг.), М. В. Келдыш вновь проявил интерес к развивавшимся академиком Т. Д. Лысенко биологическим теориям и их сельскохозяйственным приложениям. Поскольку он не являлся специалистом в этих вопросах, ему следовало бы воспользоваться оценками учёных-биологов и практиков-сельскохозяйственников. Но, к сожалению, М. В. Келдыш проигнорировал мнения ведущих советских селекционеров-творцов "зеленой революции" пшеницы в СССР П. П. Лукьяненко и В. Н. Ремесло, неоднократно заявлявших, что своими успехами в повышении урожайности озимых они обязаны теории и методическим указаниям академика Т. Д. Лысенко. Проигнорировал он и высокую оценку, дававшуюся биологическим работам Т. Д. Лысенко президентом Генетического общества Дж. Б. С. Холдейном. Вместо этого М. В. Келдыш, по сути, вновь солидаризовался с кланом демократической интеллигенции, организовавшей письмо 1955 г., заявив: "по мнению ряда учёных теория стадийного развития академика Лысенко действительно имеет место быть, а что касается других разработок, в частности касающиеся наследственности, изменчивости, видообразования, внутривидовых и межвидовых взаимоотношений, то они не получили экспериментального подтверждения и были опровергнуты дальнейшими исследованиями". В июне 1964 года Келдыш, председательствовавший на собрании Академии наук, не остановил грубо клеветнические политические нападки известного "демократа" физика А. Сахарова на Т. Д. Лысенко (см. Приложение). Впрочем, сам президент АН в 1961-64 гг. против Лысенко и его школы активно не выступал, видимо, учитывая позицию Хрущёва.
Однако после снятия Хрущева в 1964 г. М. В. Келдыш, как по команде, открыл все "шлюзы" в печатных органах системы АН СССР для потока грязи и лжи на работы академика Т. Д. Лысенко. При этом ответы сторонников Т. Д. Лысенко и представителей его школы не публиковались и демонстративно не замечались. По указанию президента АН создавались комиссии по проверке руководимой Т. Д. Лысенко экспериментальной базы "Горки Ленинские", которые целенаправленно чернили работу базы. Вот только один пример. Ферма жирномолочного стада крупнорогатого скота экспериментальной базы сдавала молоко на государственный молокозавод. Стоимость молока рассчитывалась от базовой жирности в 3,2 %. Поскольку процент жира в молоке коров экспериментального стада, созданного академиком Т. Д. Лысенко, был существенно выше (больше 5 %), то завод делал пересчёт в пользу фермы. Так вот, комиссия, созданная М. В. Келдышем, заявила, что ферма получала за молоко завышенные доходы — "не заметив" при этом, что высокая оплата молочной продукции была обусловлена высоким содержанием жира. Отделением общей биологии АН СССР назначались на ферму (вопреки протестам Т. Д. Лысенко) директора, которые умышленно причиняли вред поголовью стада за счет плохих кормов. После этого началась заключительная стадия дискредитации работ Т. Д. Лысенко Отделением общей биологии, под покровительством президента АН Келдыша. Дело дошло до абсурда. Для обсуждения работ академика Т. Д. Лысенко на молочной ферме было созвано объединенное заседание президиумов АН СССР, ВАСХНИЛ, Академии медицинских наук, коллегии Министерства сельского хозяйства. После чего тенденциозные оценки работ Т. Д. Лысенко, данные вышеуказанными комиссиями, заняли весь номер очередного "Вестника АН", опубликованного, вдобавок, повышенным тиражом.
В связи с этим только как лицемерие можно было бы расценить последующие заявления Келдыша: "Осуждая монопольное положение, которое занимал Т. Д. Лысенко, и отрицая его неправильные взгляды по ряду важнейших вопросов биологии, мы не должны огульно отрицать всё, что он сделал" и т. д.
В русле той же политики находилась и "эксгумация" президентом АН СССР М. В. Келдышем "Института экспериментальной биологии" Кольцова, реорганизованного в 1939 г. решением Президиума Академии наук за разработку лженаучных евгенических теорий: в 1967 г. из Института морфологии животных имени А. Н. Северцова был выделен "Институт биологии развития имени Кольцова".
Возвращаясь к развязанной в 1960-х гг. представителями демократической интеллигенции типа Ж. Медведева и А. Сахарова клеветнической кампании против Т. Д. Лысенко и его сотрудников, можно констатировать, что тогдашний президент Академии наук М. В. Келдыш фактически занял неблаговидную позицию покровителя этой кампании, особенно негативно сказавшейся на сельском хозяйстве СССР. Если "1948–1962 годы… являлись периодом самого быстрого роста урожайности (пшеницы в СССР)" то "успехи", достигнутые демократами сначала в пропаганде целинной и кукурузной кампаний, потом в продвижении концепции "неперспективных деревень", а потом и в травле выдающихся учёных-сельскохозяйственников нашей страны повлекли за собой резкое снижение производства зерновых и массовые закупки Советским Союзом пшеницы за рубежом.
"Ни один враг не принёс столько вреда, сколько принёс нам Хрущёв"
Устинов
"За десять лет успел сделать такое, что враг не смог бы. Это хуже, чем враг. Так развалить то, что построено!"
Шахурин
После марта 1953 года аграрная политика СССР, по воле нового руководства радикально переменилась. Уже в апреле-мае были многократно урезаны ассигнования на лесоразведение в степной зоне России и Украины; ликвидированы лесозащитные станции и другие учреждения, занимавшиеся лесо и фитомелиорацией. Проблемы повышения урожайности основных зерновых культур, пшеницы и ржи, являвшиеся при Сталине ключевыми в сельском хозяйстве страны, отошли на второй план. С середины 1950-х гг. главными задачами аграрной политики СССР стали, по воле первого секретаря ЦК КПСС Н. Хрущёва: освоение целинно-залежных земель в степной зоне страны и радикальное расширение площадей посевов кукурузы в сочетании с переходом на её посевы гибридными семенами.